大家一起前往察看，原来放在校舍楼里体育室的优胜锦旗不知被什么人割裂的支离破碎，修好高中的人都非常慌乱。因寄放在学校的优胜锦旗被割，修好高中保护不利，为了维护学校的名誉，修好校长决定退出比赛。学生们、老师们都是不满之声，但又无可奈何。修好高中的校长禁止无关的人过来，将米花高中的人赶出来。小五郎已经喝多了，躺在休息椅上睡过去。
柯南奇怪为什么不报警，园子冷笑还不是为了面子，因为不论犯人是外部人还是内部人学校都要整理出应付的对策来。小兰点头明白，大家的目光都转向睡在椅子上的毛利小五郎，小兰上前将老爸弄醒，“爸爸，快起来，工作了！”小五郎睁开眼，“岸田先生，我真的不能再喝了！”大家头上都是汗。
小五郎带着大伙赶到现场，打出自己的名号，引起一片震惊声。随后毛利侦探开始进行调查。3楼锦旗放置的房间有2扇窗户，其中向阳的这扇对着比赛的场地，在这里观看比赛最好不过了。小五郎大怒，抓起捣乱的柯南，“闲杂人等是禁止进入这里的，懂吗？”柯南暗暗叫苦，小兰急忙过来阻止老爸使用暴力，小五郎只好将柯南放下。千钧发现另一面窗户被打碎了，外面还有梯子，急忙招呼大叔。小五郎认为犯人是从学校外面爬进来的，修好校长赞成，“不愧是名侦探，这件事情就拜托了！”修好高中所有人的情绪都很失望，因为没有办法参加比赛了。
柯南上前询问管理员梯子以前是放在哪里的，管理员道，“平时放在仓库中，不知道什么时候搬到这里来了。仓库是有锁的，可是今天早上钥匙不见了。”经过在管理室查看，毛利侦探发现同时不见的还有理事长房间的钥匙。小五郎立即断定，“犯人是你们学校里面的人。”修好校长大惊失色，小五郎解释，“犯人是利用钥匙打开理事长房间的门后进入锦旗室的。那个梯子不过是伪装行动，是故意让人以为是学校外面的人做的。”大家议论纷纷，会是谁做的呢？
修好校长询问，“毛利侦探，你这么说的证据是什么？”小五郎在柯南提示下，明白过来，“窗户附近的地板上都是玻璃碎片，如果凶手踩到上面走到锦旗旁，一定会有沾在鞋子上的碎玻璃掉落才对，但是锦旗附近的地面非常干净。所以这个只是犯人的障眼法而已，他根本不需要这样进来。”柯南暗自点头，很好就是这样。千钧奇怪，“为什么犯人这么希望把责任推到外人身上呢？”小五郎推断案件发生的时间在比赛的时候，文良也反应过来，“那比赛时不见的人就是犯人了。”
目击男学生甲说看到江藤进入到校舍这里，目击女家长甲也说看到了，江藤头上都是汗，“别开玩笑了，我的确到校舍去过，但是我去上厕所。”毛利侦探询问是否有人能够证明，江藤擦汗，“这个……，不过，校舍里不止我一个。”园子也道，“对了，小梶也中途离场进入校舍了。”队员们很快证实小梶自称是去保健室，梶健也站出来，承认是自己割裂了优胜锦旗。所有人都大惊，队员们都不敢相信，询问他为什么要这么做，小梶低头，“我最近投球不太顺手，大家看到我今天的表现就应该知道，这是因为我害怕参加大赛。”
小雅走过来，“小梶同学，你的确投得很差，但是我记得是从第七局做假动作以后才失常的，在这之前你打得非常好。你如果不想参加比赛的话，假装生病将主力位置让给江藤同学就可以了，不需要把锦旗割破啊！”梶健也一时说不出话来，“新庄同学，我……”千钧皱眉，“原来你认识小雅啊！”小梶点头，“我也到米花高中看过女子棒球比赛，所以认识两位新庄同学，原来这位是静雅同学。”千钧无语了，这家伙也是分不清静杨和小雅姐妹啊，不过这次他应该认清了，下次一定要让她们两个还穿一样的衣服。静杨也奇怪，“你做出伪装外人入侵的行为又是为什么呢？”小梶无言以对。
这时，那个中年女子走了过来，原来她是梶健也的母亲梶美恵。柯南觉得奇怪，这对母子竟然互相躲避彼此的视线。梶美恵推开人群走进来，直言锦旗是自己割的，不关儿子的事情。小梶急忙拦住母亲，声称是自己做的，还拿出了凶器，一把刀子。小五郎接过查看，上面的碎屑跟锦旗的图案是一样的。现在大家都相信犯人就是小梶了，队员们怒气冲天揪住小梶大声责问。随后，学校的高层开始讨论怎么处理这件事情，棒球队员们也都心情沮丧，梶美恵也非常难过。
几个女生都不太相信小梶会做出这样的事情，园子尤其难过，为小梶鸣不平。柯南在比赛场地转了一圈，发现投手的位置刚好能看见锦旗室的窗户，千钧提到修好校长是个左撇子，他将棒球扔给队员时发现的。柯南突然想起什么，低声跟千钧商量一下。趁着管理员打瞌睡，千钧带着柯南再次偷偷潜入锦旗室，柯南仔细查看了锦旗的割裂处，眼睛发出光亮，明白了事情的真相。柯南不明白的是那人的动机究竟是什么，能获得什么好处呢。
二人悄悄出来后，听到几个女生在走廊里瞎聊，园子提到，学校有人对修好高中成为棒球大赛的种子队感到非常气愤，因为修好高中本来就是升学高中，要是棒球队越来越兴盛的话，大家都要去加油助威，这样就不能很好地准备考试了。管理员从房间走出来，园子吓了一跳，“因为这本来就是理事长的方针，他最讨厌的就是运动了。他最大的希望就是这所学校造就更多跟他一样的名人，他对棒球的荣誉根本不屑一顾。其实，他本来今天应该会到学校来的。”大家终于明白了，理事长想今天过来说明棒球队解散不参加比赛的事情，但好像身体不适未能成行。柯南这下全明白过来，真相只有一个。
为了进行名侦探推理秀，柯南骗大叔说女学生们要找他签名，大叔很是得意地来到锦旗室，脸上露出y荡笑容，“女高中生啊，可是这样子不太好吧，真是的，小兰她们也在，在学校做这种事情太……”小五郎刚坐好，就直接被柯南麻醉了。随后广播里传来小五郎的声音，请大家到锦旗室集合，即将发表事件的真相。
大家都到后，修好校长很是恼火，“毛利先生，你的工作结束了，稍后我会将酬劳付给你的。”小五郎冷笑，“事情还没有结束，因为真正的犯人还没有找到呢。”校长恼怒，“犯人不是小梶吗？他已经认罪了。”小五郎否认，“犯人不是小梶，也不是他母亲美惠。”随后仔细解释了整个推理过程，小兰做了示范，大家发现小兰习惯用右手的。
所谓割旗的手法，首先爬梯子把理事长办公室的玻璃打破，让大家以为是外来人员做的，然后拿着钥匙直接开的门。锦旗上的划痕是从左上到右下割的，说明割旗的是个惯用左手的人。而且切口比较靠下，可以断定身高不超过160公分。
小梶投球是用右手，证明他不是左撇子。队员们想起江藤是用左手投球的，都怀疑起江藤来。小五郎说道，“小梶抢了江藤的主力位置，江藤恼恨之下退出棒球社，从这一点上讲他确实有动机，但江藤也不是凶手，因为江藤的身高超过180公分。”这时有人发现梶美恵的身高不足160公分，她也承认自己只有157公分，但她也不是左撇子，所以说她也不是凶手。
梶美恵说明来意，她是来说服理事长想让儿子继承父亲医生的职业，并退出棒球队放弃比赛的。小五郎叹息，“原来你也不知道理事长今天本打算过来宣布退出比赛的，真是太讽刺了。”案发时，梶美恵前来求见理事长，但理事长不在她就离开，刚好被江藤看到。而真正的犯人趁着这个机会进去割裂锦旗，小梶通过窗户看到母亲，就匆匆赶到锦旗室，犯人慌张之下将刀子掉在地上离去，梶健也捡起来，他误以为母亲把锦旗给割坏了。所以被发现后，母子二人争着认罪。“所以，真正的犯人是在梶太太朝着学校走时，消失在学校操场上的那个人。他是左撇子，身高也在160公分以下。”
大家互相看，犯人到底是谁呢？小五郎大喊一声，“千钧！”千钧微笑，扔出一个棒球，修好校长本能地伸出左手接住。所有人都明白了，“怎么会？”“不会吧？”“没错，真正把优胜锦旗割破的犯人就是你，校长先生！”校长先到操场上，让大家看见自己出现，随后马上抽身，事先做好伪装工作，造成外人入侵的假象，割破锦旗后立即回到操场。
校长不服气让毛利侦探拿出证据来，毛利侦探冷笑，“证据就你的口袋里，那里还有理事长室的钥匙吧！”校长大惊，本能地捂住口袋，千钧上前将他的手抓住，将钥匙取了出来。小五郎叹道，“你本来想事情结束后，将钥匙放回管理室的，但是后来出入的人太多，你认为不放回去也没事。”