阿济格接到觉罗巴哈纳的告急是在初二的下午,这时南京城里的战斗正进行的十分不顺,清军在南京的中部城区中陷入了苦战，而外线又遭到商家军的打击,整个南京的清早背后都在商家军的危胁之下，这下孑更是雪加霜，也令阿济格觉得头大如斗，这才算明白，为什么当初多铎会在商毅手惨败而归，这个人实在太难对付了。
同时阿济格也有些想不通，商毅既然能够在外线集结那么多兵力，为什么不多留一些在南京驻守呢？如果商家军在南京的兵力再多两万，就算是自己有内应相助，恐怕也沒有那么容易就攻进南京城。因为按阿济格的观念，守城当然是第一重要的。
不过想不通事情就不要去多想，现在南京的清军还有十一万左右，反正在城市里作战，这么多的兵力也展不开，因此阿济格立刻下令，命正蓝旗满洲梅勒额真珠玛喇率领一万五千人马，立刻赶去溧水支援觉罗巴哈纳，又命正白旗梅勒额真卓罗也率领两万人马，去驻守当涂，保住自己的背后，同时又命人急传忠顺王尚可僖，让他立刻发兵从湖广东进，支援南京作战，同时调遣一支人马，进驻池州，保护自己的后路。
等救援兵力分派完毕之后，阿济格这才稍稍安心，因为不知这几路人马的战果如何，因此也下令暂时停止了南京城內的进攻。
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因为商家军有飞鸽传，因此商毅收到了成进的报捷，是在今天午的时候。商毅也十分高兴，尽管现在南京城里打得不错，但局势远比商毅当初预计的困难得多。原因就在于当初制定的是在南京城里东守西攻，只把中部留给清军，这样一来清军很难在南京城內取得稳定的立足点，最多只能控制秦淮河以南的区域。
但现在皇城失守，清军在南京城中已经取得了一个稳固的驻点，而以商家军目前留守南京后兵力，根本不足以复夺皇城，清军其实己经占据了一个十分有利的地位，进可攻，退可守，南京的东、南、北三方都可以用兵，而商毅也不得不在南京北面的玄武湖西岸也驻守一个旅，以防清军绕到北面进攻，现在留守在南京城中的兵力只有一个特种兵旅和一个团。
只不过由于清军以前从来沒有打过这样的城市战，还没有察觉到自己的优势所在。但等清军慢慢的适应了城市战之后，恐怕以后的仗就不是那么好打了。因此在这个时候从外线传来捷报，不仅是对内线的人马是一个鼓舞，同时也一定会迫使清军派兵救援，减轻内线的压力。
于是商毅也立刻给成进回信，一是提醒他清军一定会派兵増援外线，以后要千万小心；二是仍然要继续寻找歼敌的机会，争取在十天时间内，再打二到三个胜仗，歼灭两万左右的清军，这样一来阿济格一定会更是左右为难。而在内线也就有机会向清军发动进攻了。
向成进发出令之后，商毅也没有一味消极的等待着外线的好消息，同时也在内线积极的准备，寻找歼灭清军的机会。现在清军停止了进攻，对商家军来说，也是十分难得的休整和重新布置埋伏、设置机关的机会，同时还派出小股军队，不断的掻扰袭击清军。
在史可法和吴甡带领着官员们离开了南京之后，商毅也在积极的调劫一切可以利用的力量，第四、第五分舰队的登岸部队也全部都调到南京城里，做为预备兵力，并且还聚集了不少残余的明军，还有玄皇教的剩余力量，一共集合了近万人。加以训练，准备迎战清军，同时还有不少百姓投军。
现在清军停了进攻，而商毅把任务分派下去之后，也就暂时没事了，因此在房里对照着南京地图，思考逛战清军的办法。
这时卫兵进来报告，说是明石姬想求见商毅。
原来在清军攻入南京之后，也抄灭了玄皇教在南京的老剿醉杏楼，因为有夕颜提供的信息，对玄皇教隐藏在南京的势力也大加缴灭。因此玄皇教也受了很大的打击，教众死伤许多，三名长老之中，只有师长老一人逃了出来，其余两人均死于乱军中。
而这时教主朱师成己死，又无子女继承，因此残余的教众暂时以明石姬为首、师长老为辅。明石姬决定，首先让师长老带朱师成的灵柩和一部份弟孑撤出南京，到徽州去与前一批先调离南京的弟子汇合，保存实力。而自己带领一部份弟子仍然留在南京，帮助商毅守卫南京。
商毅对明石姬撤离一部份人员离开南京也并沒有阻止，毕竟他们也不是商家军的人，没有义务留在南京陪自己冒险，因此让他们随着运送百姓的遣船只离开。而对留在南京的玄皇教众，沒有暴露的，仍然继续潜伏，暴露了的，可以根据他们的自愿，或是编入军队中，或是跟随明石姬，暂时在南京驻留。
明石姬等人对商毅也十分感激，因为现在的玄皇教实际己是名存实亡，商毅还念着曾经的同盟，给了玄皇教足够的照顾，也算是仁至义尽了。因此明石姬送师长老离开之后，也来见商毅，向她表示自己的感谢。