而商毅付责的防区是从皇宫北部的太平门、小校场、府军右衙、国子监，一直沿伸到钟鼓楼。将依托河流进行防守。
钟鼓楼是南京城中最高的建筑，也是西北部的分界点，西北一带在南京城中，属于比较偏避的地方，但在南京城西北角的金川门，是商家军的水军驻扎的地方，在必要的时候，也很方便从城中撤离。而且站在钟鼓楼，基本可以俯视南京城的全局，也有利于指挥城内作战，因此商毅也决定，把这里做为商家军在南京城里的驻防核心，并且和皇城一带形成互相呼应。同时也把自己在南京的指挥部定在钟鼓楼。
这样一来整个城内的战场，将是以皇宫以西，钟鼓楼以南的南京中部地区。大约占南京城的四成左右，而城墙包括南边通济门到石城门的一长段地区。
玄皇教主和明石姬对商毅这样的布置也十分满意，因为商毅并没有染指皇城的控制权，而玄皇教的责任只是守住皇城就行了，毕竟皇城是有城墙可守，而且在城市内作战，清军也无法使用大型的攻城武器，而在城中的大部份的任务，都是由商家军来承担。因此也同意了商毅这样的安排。
随后商毅又问道：“居我估计，现在淸廷己经在南京城中安插了不少细作，一次不是让你们调查吗？别告诉我这么长的时间，你们什么东西也没有查来？”
明石姬道：“你也太小看我们玄皇教了，我们在南京的经营，是从靖难之后就开始了，己经根深蒂固，岂是清廷这区区几年的时间能够相比的。我们已经查出十一家酒楼、茶楼、妓院都有怀疑，其中有三家基本己经确定，肯定是清廷设在南京城中的居点。”
说着她从袖口里取出一张纸来，铺在桌孑。商毅一看，果然写着十一个酒楼、茶楼、妓院的名字，而排头第一位就是紫明楼。同时在前面还打了一个小勾。
商毅也点了点头，一边来说酒楼、茶楼、妓院，确实都是情报糸统隐藏的适合场所，道：“既然知道了，那么为什么还不动他们？”
明石姬苦笑了一声道：“没有证据啊？这个紫明楼现在的风头己经不次于我们的醉杏楼了，头牌姑娘紫玲珑，现在可是秦淮河的第一名妓，为人确实八面玲珑，和不少官员都有关连，像复社四公子，都和她交情不错，据说钱谦益都打算为她赎身，只是碍着家里己经有了柳如是。而且这一段时间南京一直都没有平静过，我们又怎么敢轻易对它下手呢？”
商毅道：“这么看起来，这个紫玲珑也是清廷的细作了。”
明石姬点了点头，道：“己经可以确定，她就是。我看她是有意要结交这么多官员，好为紫明楼拉出一层关系保护网来。”顿了一顿，又道：“不过我们现在己经把紫明楼严密监视起来了。“
商毅也点了点头，利用妓女和文士官员拉关系,是开妓院的另一个好处，因此道：“现在情况危急，己经等不了许多了，事急从权,就算是现在没有证据，也要先把这个紫明楼抄了，否则等清军打进了南京，他们就能成为清军的得力帮手。那怕是抓错了也再所不惜，这个恶人就由我来做，等到明天我的后队人马到了南京，就立刻动手。但在此之前，你们还是继续盯着他们。”
玄皇教主道：“好，这个包在我们身。只要查抄了紫明楼，一定能够从里面搜出证据来的。”
商毅道：“好，那就这样。”
玄皇教主盯着商毅，道：“现在你可以告诉我，你是怎么知道我们的秘密？”
商毅道：“很简单,因为我见过你用的乘龙剑，而先帝将另一柄御凤剑赐给了坤兴公主，我知道了这两把剑的来历之后，自然也就能够猜出你们的秘密了。”
玄皇教主道：“你既然知道了，我也不瞒你，我是建文皇帝第九世子孙，名叫朱成师，你现在应该明白了，如今的大明只有我……”