这一次守卫南京的战役，比江淮战役更为重要，因为江淮失守，还有长江防线，而南京一失，浙江就会直接面对清军的兵锋，因此在杭州的最后一次军事会议，不仅是统战部的成员参加，就连周世奇、王夫之、李松晨这些行政部、文司的人员也都参加。&&包括叶瑶瑱也出席了这次的会议。
现在在江南驻守的,是第一军和第三军，总计有兵力八万人左右，另外还有四个预备旅。商毅在军事会议正式决定，由自已率领第三军进驻南京驻防，付责内线作战，而成进带领第一军付责外线作战。驻守长江口的第四分舰队也逆江而，到南京的金川门附近驻扎，以便于从长江支援作战，并切断淸军的渡江路线。而留守杭州湾的第一、五分舰队暂时驻守待命。
第三军由一个步兵师和一个步兵旅、一个骑兵师和特种兵旅组成，总计兵力三万五千人左右。因为这次的作战任务是驻守南京，主要的战斗模式是巷战和守城战，因此骑兵的作用并不大。商毅也决定，不带骑兵师进南京，将骑兵师中的两个团交给第一军指挥，剩下的一个团留守在杭州。这样实际进入南京的兵力，只有二万五千人左右。同时商毅也把江南战区的总指挥部设在南京。
而第一军是商家军中实力最强的一个军，共计有三个步兵师，二个步兵旅，合计兵力超过四万五千人，加补充过来的两个骑兵团，总兵力己经达到了五万二千人左右。全军驻扎在广德州，总指挥部设在广徳州北部与应天府交界的建平县，这里距离南京不足三百里的路程，而第一军第五师进驻应天府东南的溧阳县，第九师驻守广徳州，在从南京到杭州的中间位置，排出了一个三角形的阵势，正好可以挡住清军从南京侧翼南下，进攻浙江的路线，等待着歼敌的时机。同时向北还可以支援南京的防守。
南京的內外线兵力分布就是这样安排，不过第一军的军长成进在会议提出，内线的兵力显得有些单薄，而且商毅亲自在内线坐镇防守，这样就太危险了，这样的兵力，当然是守不住南京的，因此建议从第一军抽调一个旅，増援内线的兵力。
但这个建议被商毅挽言谢绝了，虽然他也知道成进是一片好心，但这一次作战，主要的歼敌任务，是由外线的军队来完成，而内线的任务只是只是牵制住攻城的淸军，为外线的人马歼敌制造机会，因此商毅也认为目前的兵力己经足够了，如果从第一军抽调一旅到南京驻守，会削弱外线的兵力，影响外线的作战。
随后商毅还告诉成进，自己在南京的安全，并不在于守卫南京的兵力多少，而是在于外线作战的结果，外线打得越好，自己在南京也就越安全。因此说得众人也十分感动。
而在江北的战区，现在清军的吴三桂部己经攻取了庐州，兵锋己经直逼淮南地区，凤阳己经陷入了清军的南北夹击之中，现在凤阳的守将是刘泽清，手下约有近四万人马，肯定挡不住清军的进攻，因此如果让吴三桂打通江淮，和驻守淮北的多铎部连成一片，江北的局势也将陷入十分被动，因此无论如何，也要保住凤阳不失。
因此商毅也命令驻守江北的第二军进驻滁州、定远一线，牵制住吴三桂的兵力，保护凤阳的背后，同时从山东战区抽调周少桓率第四军南下，进驻淮安府，配合第二军在江北协同作战。而童大勇指挥第五军，依然留守在山东，必要的时候，可以放弃所占领的青州、兖州等地方。保证在江北战场形成对清军的局部优势兵力。
而守卫浙江地区的，是一个骑兵团，加外籍雇佣军团和一部海军的登陆作战部队，还有目前的五个预备旅，而留守浙江的军队指挥官，则是由亚莉桑徳拉担任。
总体的兵力分布就是这样，随后商毅又宣布，留守杭州的班子，行政部由周世奇和王夫之付责，统战部由李岩付责，周奇和吴汉生协助，而叶瑶瑱仍然代替商毅，全面主持浙江地区的所有政务工作，并对突发事件有直接的决定权力。这个留守班子也并不出人意料，因为以前几次战斗，基本都是这样，而且每一次都能够让商毅非常安心的在外作战。
虽然叶瑶瑱代替商毅主事，在一般的时候，都是像征意义大于实际意义，因为行政部和统战部基本都能够把自己的事情处理好，叶瑶瑱实际起的，只是一个监督作用，但在处理紧急事务时，有一个能够直接下决定的人，就能够避免许多不必要的麻烦。
一切都布置好之后，商毅才下令散会，而且将江北战区、山东战区的命令都发出去，又让众人各自回去休息，明天一早，第一军和第三军将从杭州出发，进入各自的作战地区。
然后商毅才和叶瑶瑱一起回到后宅，这时商毅的其他几位妻妾，包括尚未完婚的亚莉桑德和朱媺娖，都在等候着他们回来。
等商毅对众妻妾说明了这一次战役的安排之后，众人的表情也都各不相同，陈圆圆和林凤舞基本己经习惯了商毅这样常年在外征战的生活，同时也对商毅很有信心，坚信他会和过去的战斗一样，平安归来的。同时她们每人手都有一摊事情，因此虽然心里也非常担心，但并沒有那种要生离死别的心里。
而朱媺娖的身份最特殊，因此她的心情也最复杂，一方面是希望商毅能够平安的归来，另一方面也希望商毅能够再一次力挽狂澜，挽救大明的命运。
只有亚莉桑德拉的心情最郁闷，因为她的任务是留守浙江，这次战斗没有她的份。而她心里还是希望能够在战场一显身手，由其是能够和商毅并肩作战。不过亚莉桑德拉也知道，留守同样是一件相当重要的任务，能够担任留守主将的，也表示商毅对自己极大的信任。而且商毅也开导她，现在留守也是暂时的，随着战事的进展，出战的机会还是很大的，因此也没有异议的接受了这个安排。