得到了李自成南撤，史可法和吴甡辞职的消息之后，商毅也意识到，本来己经好转了的南方形势，一下子又变得非常遭糕了。甚致比一次清军南侵的时候还要遭糕得多。因为自己的情报网络基本己经查觉到清军的调动情况，这也说明，清军在今年以内，就很可能再次展开南侵，而且这一次南侵的规模，也不会比一次小。
因此这一次南京发生的顺逆之争，显然是清廷早有预谋的行动，先煽动东林党人闹事，使南明朝廷和李自成分裂，然后逼使李自成南撤。这样一来，南京以西的防守几乎是一片空白，清军可以顺江东下，想指望刘良佐和黄得功挡住清军东进的大军，根本就是不可能。完全有可能一举而攻克南京。
但也不可否认，清廷的这一整套计划确实十分巧妙，完全是针对东林党的脾气秉性而制定的，充份利用了东林党人自以为是，不顾大局的性格弱点。
那么从现在的情况来，虽然不排除南京朝廷到了危险的时候，还会调自己出兵去保护南京，但以东林党的性格和眀朝拖拉的办事效率，估计等到自己出兵时，清军也己经兵临南京城下了。这样一来南京也就等于是一座死城，而浙江直接面对清军进攻的可能性，己经很大了。
好在是一个月之前，商毅就己经有这种预料，因此在浙江內部也都做好了充份的思想准备，并不觉得有什么突然和意外。另一方面，在江淮战役的胜利，也充份证明，商家军确实是一支能打硬仗的强军，因此浙江省内军民人等、士农工商，下下都对商家军信心十足，到也沒有引起多少恐慌情绪。
而且在这几个月的时间里，商家军的扩军编制工作己经完成，现在浙江包括苏北、淮西地区，一共有七个步兵师，分别是第一、三、四、五、六、七、九师；四个步兵旅，分别是第一、五、六旅，另有一个骑兵师、一个特种兵大队，相当于一个旅。总计兵力为十二万左右。不过由于兵工厂的生产能力有限，现在第七师，和第三、五旅，都是装配了半数的兵器。另外还组建了五个预备旅，正在加紧训练，预计在年内，再组建一到二个师，或二到三个正式旅。
在山东战区，这时己经编制二个步兵师，为第二、第八师；三个步兵旅，为第二、四、七旅，另有一个骑兵旅和一个特种兵团。总计兵力为五万左右。其中三个步兵旅都只装配了半数的武器。另外也有三个预备旅，计划年内再组建出一个师来。
目前商家军陆军部的总兵力超过了十七万，尽管不是所有的部队都装配足够的兵器，但和江淮战役的时候相比，无论是兵力总数，还是整体的作战能力，都得到了明显的提高。另外在海军部的，下属还有三万六千多兵力，其中可以用于陆战的兵力可以达到一万五千人，这也是一支不可忽视的辅足力量。
因此在盘点完了自己现有的兵力之后，商毅又一次清楚的认识到，和自己刚刚来到这个时代相比,自己己经拥有了足够强大的实力,手下有一支强大的军队,有超过二十万平方公里的领地,有八百多万民众,拥有足够的财力物力,甚致还占领了两个大型海岛,也就是说，就算是失败了，也有足够的后路可退，那还怕什么，就再和清军大战一场就是了。
不过由于军队的扩大，也使商家军在未来的大兵团作战会增加，而目前最高的师级编制显然不能符合现在的作战要求，因此商毅也决定，在师级以，再提高一级，进行军级编制，将目前的全部兵力编成五个军。
浙江战区，第一军：下辖第一、五、九师，第一、五旅。由成进任军长，赵英杰任副军长，尤洪亮任参谋长，付责驻守江南地区，总指挥部设在杭州；第二军：辖第三、四师、六师，第三旅，由罗运斌任军长，王信任副军长，刘伯涛任参谋长，付责驻守江北地区，总指挥部设在扬州；第三军：辖第九师、骑兵师、特种兵大队和第六旅，由杨武丞任军长、段鹏任副军长。属于机动兵力，江南江北调动作战，但总指挥部仍然设在杭州。
山东战区，第四军：辖第二师、第二、四旅、骑兵旅和特种兵团。由周少桓任军长、蒋义渠任副军长，唐镇任参谋长，付责驻守整个山东战区，总指挥部设在登州；第五军：辖第八师，第七旅，军长由周少桓兼任，童大勇任副军长，鲍铜钢任参谋长，付责驻守靑州地区，总指挥部设在穆陵关，平时由童大勇代理军长的职权。
对于这样的新编制，统战部的其他人员都沒有意见，毕竟现在全军己经有十个师的编制，如果还按师为最高级战斗编制，确实会使指挥权过于分散。稍微有一点出人意料的是，由周少桓一人身兼两个军的军长，不过山东战区离浙江确太远了，既使是有了飞鸽传，也来不及做到极时的指挥，因此需要一个统一的指挥部。而且第五军的人数明显偏少，实际只有半个军。
因为时间里迫，军部的成员也各兼任以前师级职务，因此人员也不需要重新调整，可以说很快就能快完整编，而商毅也开始考虑，在南京失守之后，商家军的整体作战安排。
现在清军的战略计划己经十分清楚了，就是在山东主守，江淮牵制，主攻长江中游。而在清军攻占南京之后，一定会集中优势兵力，以南京为基地，前来进攻浙江，因此在江南地区，恐怕也只能以战略防守为主，并以杭州、苏州两地为防守核心。
因为杭州是目前商毅集团的行政机构所在，绝大部份士兵的家属，还有重要的工厂、学校、对外港口都设立在杭州附近，因此杭州绝不容有失的。而苏州是商毅集团除了杭州以外，在江南的最重要城市，主要的出口商品丝绸，几乎都是在苏州生产，同时苏州还足连结着江北地区，和控制长江入海口的重要战略位置，因此苏州无论如何也一定要保住。
当然一味的防守显然不是策，什么死守城池，也从来都不是商毅所考虑的战斗方式，既使是在战略防守，也一定是要守中带攻。因为在商毅的战术指导思想中，防守只不过是为了反击而做的准备工作。因此商毅很快就开始考虑，如何向清军发动反击。