圣旨到是没有别的内容，基本全是对史可法和商毅在这次江淮之战中的表现进行夸赞，而且言辞也十分xx，反正是什么话好听说什么，骈四骊六说了一大通，只是在最后才提到了南京之变，当然也向马士英身沷了不少脏水，最后才宣布，调史可法回京，入阁理事，而商毅以浙江巡抚兼任浙直总督，并督师江北各地。
也就是说，史可法终于可以回到南京朝廷的中枢机构，而商毅则接替了史可法的位置，同时身兼巡抚、总督、督师，一跃而成为南明朝廷最有实力的地方大员。而且从理论来说，整个长冮以北的地方，都可以算是商毅的督师的职权范围。
这到并不出商毅的意料，因为取得了这样决定性的胜利之后，朝廷无论如何肯定是要进行嘉奖的，只不过这次动作也太快了一点，几乎是仗刚一打赢，马就奖励下来了。如果都是这种效率，大明也不会落到今天这一步。不过吴甡的一封随圣旨送来的信，才让商毅明白了这其中的隐情。
原来在南京之变以后，马士英父子被打死，东林党人又纷纷，弹亥阮大铖。而马士英一死，阮大铖也是孤掌难鸣，因此很快就被罢官免职，逐出了南京。而南京的朝廷暂时甴吴甡和钱谦益主持。并且传告南方各地，指明马士英是奸党，死有余辜。
但南京的乱局却并没有随着马士英和阮大铖的失势而结束，各方势力纷纷明争暗斗，互相指责别人是奸党，自己是君子，最后的结果是大打出手，而且都雇佣了一批地方帮派做打手，再加一些地痞流氓，无业游民也是趁火打劫、混水摸鱼。
结果吴甡和钱谦益根本就控制不住局面，结果一连十余天，在南京城里几乎天天都有打架群抠的事情发生，甚至有人会公然抢劫一些店铺酒楼。死亡人数己经达到千余人。而且死的人不仅仅是百姓，己经有十余官员，都在这场动乱中丧命了。
同时公文发送到各地之后，也引起了不少哗然，毕竟马士英己经当了一年多的首辅，提拔了不少人，而且围绕在他身边，也形成了一个利益集团，在中枢的基础被打下去了，但在地方还有不少是马士英的同党，因此也都议论纷纷，而守卫南京周边的两员大将黄得功和刘良佐更是直接南京，质问马士英的死因，就是有罪，也该由朝廷来定罪处置，不该私下处决呀。
这一下东林党又都紧张了起来，因为黄得功、刘良佐是和马士英一起拥立朱由崧继位的，因此可以算是马士英一党，而且这两人现在就驻守在南京边，合计兵力也有十几万，如果他们要为马士英报仇，也学左良玉来个清君侧，立刻就能兵临城下了。
而就在这时，江淮大捷的消息也传到了南京，尽管局势混乱，但这个好消息也使南京全城欢滕，商毅的名望固然是再一次提升，而且在朝中一直支持商毅的吴甡，和在扬州督师的史可法也跟着声望大涨，再加以前是因为马士英从中作埂，才使史可法远离中枢，现在马士英死了，史可法也自然应该归朝来了，因此朝野下也都纷纷要求，招史可法回朝。
同时吴甡还说服钱谦益，认为史可法督师江北一年有余，一直是江北四镇的司，把他调回南京，可以招抚黄得功、刘良佐，同时也应该尽量安抚商毅，如果商毅认可了马士英是奸党，承认南京朝廷对马士英处置，也能震摄任黄、刘两将。钱谦谥也认为吴甡的办法很好，也是目前的唯一可行之计，因此两人联名朝廷，要求调史可法回朝，由商毅督师江北
这时朱由崧和其背后的玄皇教也无计可施，史可法回京是势在必行，而对商毅的提升虽然大了一些，但现在商毅己经是地方实力派了，而且经这一役之后，势力也扩大到淮南区，这只不过是给他一个正当的名份罢了，相反还能够让商毅守住江淮一线，保护南京，也算是划得来，因此也立下旨照办。
尽管有不少东林的官员对封商毅为江北督师充满异议，但皇帝己下旨，内阁也批核，谁也没办法阻拦，因此这份圣旨就是这样发出了。
看完了吴甡的来信之后，再加南京的暗哨发来的暗哨，商毅也基本弄清了南京目前的局面，东林党的全面掌权，看来是再所难免了，不过商毅也不打算参与南京的事情，只要把自己这一亩三分地经营好就行了，打赢了这一战之后，自己的地盘也进一步扩大，也需要好好整理一下。
而史可法对圣旨的内容到没有多想，再他看来，商毅接任自己督师江北是最合适的人选了，而且经过了这一番生死战斗之后，史可法对商毅的看法也大为改观，认为他确实是挽救明朝的唯一人选，因此对圣旨的任命也十分赞同，现在马士英己死，制肘史可法的阻障也沒有了，史可法也颇有些踌躇满志，想着等自己回朝之后，尽力重整朝纲，然后励精图治，再有商毅征战于外，大明中兴也是指日可待了。
因此史可法也立刻招集众将当众公布了圣旨的这一任命，众将对这个任命也都没有异议，毕竟谁都知道，这次江淮取胜，几乎就是商家军一力打下来的，刘肇基等人还参加了扬州之战，和清军真刀真枪拼了一场，而刘泽清纯粹就是打酱油的货，只是随手拾了点小便易。而且连几十万清军都被商毅打得大败，谁还那么不知趣，非要和商毅过不去呢？
等庆贺胜利的几场宴会都之后，史可法立刻和商毅做了公务的交接，这才准备返回南京。在离别之前，史可法对商毅道：“以恒，这次我回到南京之后，必会尽力扶佐天子，整顿朝纲、励精图治，积攒钱粮物资。你在江淮驻军，理当厉兵秣马，训练士卒，打造兵器，不仅要防范清虏再度南侵，而且还要积集淮备北伐中原，还都北京。”
商毅心里想着，史可法也未免太乐观了，道：“阁部请放心，只要有我在此守卫，决不会让清虏跨过淮水一步。他日北伐之时，必当身先士卒，收复失地，驱逐清虏，恢复中华。”