其实太子是真是假，是一件十分容易分辩的事情，不仅有左懋第从北京发来的秘密报告，而且在南京有很多北京的官员，如吴甡、王德化等人都多次见过太子，其中还有曾亲教太子读三年的弘光朝大学士王铎，曾经给真太子朱慈烺讲过课的刘正宗、李景廉以及东宫伴读太监丘执中等人。!。
而之所以弄得离奇曲折，愈演愈烈，究其原由，最主要是弘光君臣腐败，小人在朝，民心不附。当然东林党在里面故意颠倒黑白，混淆视听，兴风作浪，希望借这个假太子达到自己的政治目地，也是一个重要因素。而左玉良的东犯，里面也有东林党在推波助澜的份，说白了有一部份东林党在这个时候，己经有些丧心病狂了。
因此在后世有人猜测，这个北来太子其实是东林党故意弄出来的，不过也有人认为，东林党还没有那么大的胆量，敢弄出个假太子来，很有可能是满清为了弄乱南京的局面，搞出来的一个人物，结果东林党还真就了当，把个假货当了宝。
不过在这个时候，无论是东林还是马士英，都有意把朱媺娖这个最有资格来分辩太子真假的人，给忽略掉了，而原因恰恰就是因为，朱媺娖才是最有资格来分辩太子真假的人，一但她直证出一个结果，另一方就很难反驳得了，而东林和马士英都不敢肯定，朱媺娖会按照自己的意思来指证太子的真假，因此只能同时选择无视她的存在。
但就在左良玉的东进檄文发到南京之后，忽然有人开始呼欲，请朱媺娖进京来指证太子的真假，以将真像大白于天下。很快这股呼声就越来越大，包括江北四镇的黄得功、刘良佐，湖广总督何腾蛟等地方大员也被惊动，纷纷要求，请朱媺娖进京来分辩太子的真假。而东林党和马士英显然都不能再无视这种声音，朱由崧也只好下旨，到杭州来招朱媺娖进京。
商毅当然知道，朱媺娖绝对不去把一个假太子指认为真的，而这样一来，自己也势必会得罪东林中的一部份顽固份子，也就是说有可能彻底与东林党的一部份人员为敌，从而卷入南京的政治漩涡之中。不过既然南京朝廷正式下了诏，也就意味着这一次是难以躲过去了。对于商毅来说，既然躲不过去，那就去正面直对，虽然不想惹事但也绝不怕事。
不过在返回之前，一定要扬州防线布置一下，在后世就是因为回援南京，抽光了江淮的兵力，结果在多铎的大军南下，由归徳到扬州，一千多里的地方一路暢通无阻，直接就杀到了扬州城下。
虽然史可法这时并不打算撤兵回援南京，还想疏南京朝廷，表示对左良玉军应示以招抚之意，那怕是给左良玉一个王爷封爵，自己可以只身前往左良玉的军中劝谕，邀其一起释解前嫌，一同赴前线抗清。而当前还是应以防备清军的进攻为主，并且请求朱由崧下令各部镇军，分屯泗、临、淮、凤阳、寿州等地，控淮河为防线，堵遏清兵渡淮。
不过商毅估计，南京朝廷根本就不会采纳史可法的建议，多半让他带兵入援南京的可能性。而且就是史可法留在扬州，也好不到那里去，因为史可法的军事能力基本可以直接无视。不过商家军的兵力有限，不可能守住整个淮河防线，只能够以扬州为核心展开布置。
好在是豪格虽然侥幸逃脱，但他这一路的人马几乎算是全军覆没了，暂时到是不用但心北面，因此商毅决定，在淮安只留下了二个营和水军驻守，只要截断黄河水道，基本可以保证这一线的安全。并留下成进带领第一师的其余士兵，驻守扬州，分守各处要路。随后又命罗远斌带着运送物资的半个师驻守泗州、盱眙，保护扬州的西北侧翼，而另外半个师作为后援兵力。
现在史可法也清楚自己的斤两，知道想要守住扬州，只能依靠商家军，因此对商毅的布置也都一一照办，而商毅布置好了这些安排之后，才离开扬州，返回杭州。
这时在杭州城里、叶瑶瑱和朱媺娖也在急切的等着他回来做出决定。还有周世奇、王夫之、李岩、李松晨，还有林之洋、李格非等人，都知道在太子案的背后，其实隐藏着许多厉害关系。浙江能够有今天欣欣向荣的局面，一方面是甴于商毅集团确实治理有方，另一方面也是远离南京的政治中心，没有什么外力干涉，可以一心发展自己。而这次公主进京辩认太子是一个大麻烦，现在南京的形式错综复杂，稍有不慎，就会卷入南京的政治漩涡中。
不过商毅在返回杭州的路，己经想好了应对的办法，当然在一些细节，还需要和众人再详细搞定。因此回到杭州之后，商毅首先安慰了朱媺娖几句，然后立刻招集叶瑶瑱、朱媺娖、周世奇、王夫之、李岩五人，开会商议这次进京的安排。只要商毅离开杭州，叶瑶瑱一直都代理政务，而周世奇、王夫之、李岩也事目前商毅手下主要官员，而朱媺娖是这次进京的当事人，因此只有这五人有资格参与这次的会议。
听商毅说了自己的应对办法之后，众人也都认为这个办法不错，可以做到无论是东林党还是马士英都无话可说。因此对商毅的办法又提了一些补充的意见。
不过商毅当然不会天真的以为，只要朱媺娖指认出太子的真伪之后，就能平息了这场纷争，因为以东林党的品行，是绝对不会甘心认输，一但朱媺娖指认的结果不符合他们的需要，那么下一步他们就会宣扬朱媺娖是个假公主，说的话算不得数。
这可并不是商毅有意冤枉东林党，因为在另一时空里南京朝廷灭亡之后，黄宗羲就曾写过不少文章，暗示连朱由崧都是假冒的。连堂堂的学术宗师都是如此，其他人就更不用说了。其实到了南明时代，部份东林党的无耻程度，和商毅穿越之前的棒孑国颇有一比。
虽然东林党本身并非是一个严密的组织，而且一直以来都没有拥有多少政治权力，但却胜在占据了民间的话语权，但却胜在数众多，经过了四十多年的发展，师父收徒弟，徒弟再收徒弟，徒子徒孙加起来，现在的东林党己经拥有了一个很大的数目，还发展出了一个江南分部——复社。