商毅现在是山东都司同知，登州守备参将，在穆陵关只不过是暂时安居。而且他也打算在长江流域一带重斩建立根据地。因此沒有必要在穆陵关投入更多的资金建设。
但商毅知道，明朝实际只剩下不到一年的时间，这个结果估计是改变不了，而清军再进驻北京之后，很快就会打到山东来。虽然商毅准备在南方开僻新的根据地，但也不打算轻易放弃山东之地，因为这里从水陆两路来说，对北京的危胁都很大。因此不到万不得以，是不要放弃的。那怕只保留一个登州也行。至少在山东半岛上可以有一个立足点。
而在这种情况下，穆陵关的地位就显现了出来，它位于山东中部，连接山东南北，地势险要，易守难攻，如果能够和登州互相呼应，并且以穆陵关为据点，在沂蒙山区内进行游击和守城战相给合的作战方式，都是很不错的选择。因此加强穆陵关的防守，也是完全有必要的。
商毅经过了仔细的考虑之后，终于决定，将穆陵关修建成一座纯军事要塞，以后就成为商家军在山东中部的一个据点。关城的规模到是不用再扩大，但城墙必须重建，到不用太高，有三丈多就可以了，但将釆用欧州的棱形城墙结构，并辅以炮台、岗楼等城防结构相配合。
同时商毅还决定，在关城里挖四条地道通向城外，一方面是防止清军围城之后，与外界的联系，取得补充和支援，另一方面也是万一真的守不住了，城里的士兵也有一个可以安全撤退的通道。
其他人当然没有商毅想得那么远，而且他们也不可能想得到，明朝以经没多久可活了。但对加固穆陵关的城墙都不反对。毕竟这一次对付淸军的入关奔袭，全靠有穆陵关可守了。因此也都认为，万一下一次清军再打过来，穆陵关还是派得上用场的。
但对商毅设计出的棱型结构城墙，众人又一次被商毅的奇思妙想弄糊涂了。因为中国的城墙，除非是受地形的限制，否则一定都是四四方方的，不明白商毅为什么要把城墙设计成这么怪模怪样。
尽管商毅向众人详细解释，城墙修成棱型结构的优点，但还是有些难以接受，因为唐镇提出，如果要达到商毅所说的这旦功能，在每面城墙上修马面就行了，没有必要修成这样尖尖角角，奇形怪状的。
商毅当然知道，所谓马面，就是一般在大城的城墙都会有几个如齿轮状突出的部份，相隔约一射之地，从而对攻城者形成个三方向的打击。实际也是达到棱型结构城墙的效果。
但和棱型结构城墙相比，马面如果修得过小，就起不了多大作用，如果修得过大，则会增加修筑城墙的成本，和守城的兵力。最重要的是由于马面也是正方形，同样会给攻城的一方留出一个攻城面。尽管这个攻城面不大，但在城上能驻守的兵力也同样不多，相对也比较容易被攻破。虽然攻下马面之后的立足点并不大，守城军队也容易的反扑夺回，但毕竟是给攻城部队留出可趁的漏洞。要知道在战斗中，任何一个小小的细节，都是足以致命的。
而棱型结构城墙却沒有明显的漏洞，那怕是敌军只进攻尖角处，另一侧的同伴也一样能够支援得上来。因此在重建城墙时，商毅仍然选择棱型结构的城墙。
其实商毅的解释并不能完全让唐镇等人心服，但基于他们对商毅一惯的相信，还是同意了商毅的意见。而现有的城墙也不拆除, 就在现有城墙的外围, 开始重新修筑, 这样穆陵关就成了双城墙结构，防守自然也更加牢固了。
然而就在商毅和工匠们准备勘测地形，确定城墙范围的时候，催他出兵的公文又送到了穆陵关。而且这一次不仅是来了公文，还有崇祯的圣旨。当然在圣旨里，崇祯到沒有责怪商毅，而是将他过去的功劳又赞扬了一番，又说现在国事危急，以经到了刻不容缓的地步，因此请商毅尽快出兵。
原来在五月二十九曰，张献忠攻下了武昌府，住在武昌的楚王朱华奎被张献忠放入笼中，沉江而死，楚王府的宗室人员也全部被斩杀，据说当时从鹦鹉州到道士洑之间，浮尸蔽江、一片凄惨景象。而楚王府库藏的上百万两金银，二十万石粮食，也全归张献忠所有。
而在此之前，李自成是在崇祯十五年（1162年）闰十一月从南阳进军湖广。将驻守湖北的左良玉打得大败，引军退守到九江，根本就不敢向湖北靠近一步。结果只用了三个多月，李自成就己攻下了襄阳府，荆州府、承天府、汉阳府、德安府、黄州府等地，整个湖广以北的广大地区，被这两位农民军的大佬一人一半的瓜分。
李自成在攻取了湖北大部之后，以在襄阳组建自己的政权，虽然还沒有称王称帝，建立国号，但自立为奉天倡议文武大元帅，改襄阳为襄京，并分设官职。衍然以经开始和明朝分庭抗礼了。
在政权建设的同时，李自成还展开了血腥手段，清除异己，以更独揽大权，在军中建立自己的绝对权威。在当时，李自成部实际是由李自成、罗汝才、革、左五营三支力量组成。虽然以李自成实力最大，但另两支也不容小视。于是在崇祯十六年（1163年）三月，李自成诱杀了罗汝才和革、左五营领头的贺一龙，革、左五营的另一位头领马回回逃到湖南。而李自成收编了罗汝才的部份和革左五营的其他三营。随后李自成又纵兵消灭了活动于河南一带的小袁营，首领袁时中被杀。