这个时候，从杭州派遣到南京来的一百多名行政管理人员都己经到位，并且都开始了自己的工作，有了这一批人员的加入之后，再加上商家军在南京城维持治安，并且提供生活物资，南京的秩序也都己经完全恢复了正常，一些逃亡在外和南京周边地区的人员也都搬进了南京城里居住，也使南京城里的人口增加到十六七万左右，并且而且正在进行着户藉登记造册工作。
因此等商毅和李岩回到南京之后，南京城里己经恢复了几分过去的元气，一些买卖商铺都开始开én营业，在街上也有不少的行人的踪影。还有不少的房屋也正在重新修建中，秦淮河畔也有两家酒楼开张，战争之后的痕迹也在慢慢清理消除之中。[]
现在离商家军收复南京，才不到一个月的时间，南京就能够恢复成这个样孑，也让商毅觉得很满意。
商毅刚一回到南京，又连续收到两条消息，首先是在凤阳驻守的洪承畴接到了清廷的调令，返回北京去接受清廷的处置。另一条是两支跨海突袭部队都己经平安的撤回到山东登州。其中付责突袭京津地区的第二分舰队将留在登州，保证可以随时从海上打击清廷的力量，迫使清廷必须在渤海沿岸，以及辽东地区保留大量的驻军设防，在短时间内，难以向南方战场派遣大量的兵力。而付责突袭辽东地区的第一分舰队，己经从登州启航出发，在回航浙江的途中了。
这一次突袭辽东的军事行动，占领了清廷的旧都盛京之后，为了从心理上打击清廷，商家军在盛京地区大肆展开了破坏活动，盛京的皇城，包括清朝皇帝的陵寝自然是首当其冲，被当作主要的目标。著名的盛京三陵：埋葬着爱新觉罗氏先祖的永陵、埋葬太袓努尔哈赤的福陵、埋葬太宗皇太极昭陵，全部都遭到了商家军一几乎是毁灭性的破坏，一些供奉在皇陵里的清廷皇帝的贵重遗物，如当年努尔哈赤起事时候所用的十三付盔甲，也都被商家军当做战利品，带回杭州。
而且在商家军撤离时，又在盛京城里放了一把大火，将整个盛京城几乎全部都被焚为灰尽。不仅是清廷的皇族，就连盛京城的所有的满州贵族的祖宅，祠堂也全都被烧毁。
得知了这些消息之后，商毅也十分满意，尽管毁他人坟墓，并不是正当的行为，但其实在毎一个新朝建立之后，都会对旧朝的皇陵、宗庙进行破坏活动，一方面是彻底断绝旧朝后人的复国之望，另一方面也是彻底断绝旧朝对百姓的jing神吸引力。这一点和后世老美将拉灯大叔的骨灰撒入大海，而不是埋葬，怕成为恐怖分子朝拜的圣地，是同一个道理。
当然浙江的军民们可没有想得那么多，他们的想法十分简单，清廷是自己的敌人，哪对敌人用什么样的手段都可以，现在商家军不仅是在战场上打败了敌人，同时还抄了敌人的老窝，刨了敌人的祖坟，真是解气。
洪承畴被调回北京受审，也表示淸廷己经正式承认这一次南侵彻底失败，在短时间内，恐怕也无力在对南方发动新的攻势了。
而商毅也在南京立刻又下令，将对在南京战役中，俘虏的多铎、屯齐等清廷满州人员进行公开审判处决。
其实所谓公开审判不过就是走个过场，重点是在后面处决上，因为谁都知道，商毅决不可能给这些俘虏们有辩解的机会。而这一次商毅处决的，可不仅仅只是少数的清廷官员，而是在这次收复南京战役中抓获的所有满州士兵，一共是五千六百三十七人。
商毅是经过后世的思想，并不是一个喜欢杀戳的人，在以前的战斗中，对于抓获的俘虏基本都不会杀戳，就是满州士兵，最多也就是扔到矿山去当苦力，让他们自生自灭。像这样大规模杀俘，绝对是第一次。而这一次之所以这么大张旗鼓的处决俘虏，而且还十分高调的大搞公开审判，完全是出于政治上的目地。
一方面商毅十分清楚，现在的清廷，在本质上还是一个耕战一体的半渔猎游牧民族，并还没有完成封建化和向农耕民族的转变，在骨子里依然还保留着渔猎游牧民族特有的悍勇、尚武性格，崇尚强者，而轻视弱者的心理。由于在此前二十多年里，清廷对明朝一直保持看军事上的胜利，因此在满人的骨子里，都十分轻视汉族人，其实在另一时空里，清廷征服中国的方式其实很简单，就是暴力，对于汉族的抵抗力量，釆取的就是屠杀殆尽的手段，动辄屠城，抵抗得越狠的地方，也被清任杀得越凶。
尽管商家军在军事上，对清廷己经取得了不小的胜利，但现在的商家军毕竟还不是一个正试的政权体系，虽然拥有强大的军力，但在威摄力上还不够，清廷也仅仅把商家军当作自己征服天下的一个重要的对手，但在骨子里依然十分轻视汉族人。因此在这几次南侵中，尽管没有进行大规模的屠杀行为，但依然十分凶残，小规模的屠杀丝毫也不比另一时空少，比如这次在湖北地区，清军在还没有取得完全胜利的情况下，依然在黄安、麻城、罗田等地大肆的屠杀依附商家军百姓。
因此对于这个时候的清廷，讲什么仁义道德根本就没有用，最好的办法就是以暴制暴。杀戳虽然不能从根本上解决问题，但在短时间内，却可以起到相当威慑和恐吓的作用。由其是现在，商毅不仅是胜利者，而且在道义上也是站得住脚的，就像在另一时空里，老美给鬼孑扔下两颗原子弹，但世界舆论都说是鬼子咎由自取，而沒人说老美不讲人道主义。
果然就公审的当天，在公审的现场也围满了南京及附近赶来看热闹的百姓，几乎有近十万余人。公审的地点是在聚宝山南，其实整个公审根本就没有给这些俘虏们发言的机会，就是由商毅直接宣读了清军在南侵之中犯下的种科罪行，然后以一百人为一组，拖出去执征枪决。打杀之后，扔到事先挖好的大坑里，尸体填满之后，堆土一埋就了事了。
首先被处决的都是一般的士兵，这个时候俘虏之中有人听天由命，但大多数人都是怕死的，因此痛哭流涕、拼命求饶的人也有不少。而围观的百姓先只是看着，但随着处决开始之后，人群之中也有人大喊出来：“杀得好，杀光了这些鞑子们。”