第一分舰队带着第一旅的全体官兵出发以后，直接驶向琉球岛而去。
这时第三分舰队在击毁了曰本军队的船只之后，也和驻琉球的西班牙雇佣军汇合，舰队就停泊在军营的码头边。而此刻的曰本军队只能躲在首里城里，根本就不敢出来。而在军营里躲蔽的中国商人都平安无事，在曰本一开始进攻的时侯，还有些紧张，但发现日军的进攻根本就对军营城造不成什么危胁之后，也就什么都不怕了，当第三分舰队到来之后，则都完全放心了。
而曰本军队这时也开始紧张起来，因为都是先头部队，萨摩和彦根二藩都沒有携带多少粮食，现在船只被毁，也不知道会在琉球停留多久，虽然岛津光久是对幕府大军的战斗力不抱希望，但也不甘心在首里城里坐以待毙。而且尽管德川幕府一直忌殚萨摩藩，但井伊直孝的身份却不同。
井伊家可是徳川家德还是三河藩藩主时的旧臣，井伊直孝的父亲井伊直政，当时与酒井忠次，本多忠胜，神原康政，并称为徳川家德手下的四天王，属于德川幕府可以绝对信任的大名，因此于情于理，徳川家光都不能放任彦根藩军灭亡不管。于是也派人四下里搜找粮食，尽可能在琉球坚持得久一点。
首里城是琉球朝廷的都城，府库里还有一些存备的粮食，另外在首里城里，还有二三万琉球百姓，各家也都有不少余粮，因此曰本军队退回首里城之后，也大肆搜刮粮食，当然顺便抢一点银钱，包括妇女，也是可以理解的。最后抢来的粮食也足够吃二三个月了，这还不算城外的村庄，暂时到是不用为粮食但心，现在只是一心等着救兵赶到。至于那些被抢了粮食的琉球百姓怎么办，当然就被岛津光久和井伊直孝给无视掉了。
但曰本的援军还没有赶到，商家军的第一分舰队就首先到达了琉球，第一旅在军营登陆，向首里城发动了进攻。这时首里城的曰本刚把城內搜抢一空，又出城到附近的村庄里抢劫，结果被商家军一阵暴打，都逃进了首里城里。
岛津光久主张就在首里城里驻守，而井伊直孝还不知道商家军的厉害，觉得商家军的兵力并不多，而且又是出城挑战，似乎有机可趁，因此决定率军出击，和商家军大战一场。
结果井伊直孝带领五千彦根藩的士兵出击，和商家军的一个团对阵。商家军只出动了二个营，排成三段连射阵形，横向展开五六百米，士兵们轮番开枪射击，连绵不绝，打得彦根军成排成排的倒地身亡。
井伊直孝对火枪射击到并不陌生，当年长篠之战中，织田信长和德川家康联军，就是使用火枪，在曰本叫铁炮，击败了武田家的骑军，也使织田信长势力大涨，称雄曰本。也是徳川家康崭露头角的一战，因此也倍受德川幕府的重视。
但在长篠之战中织田、德川联军扎下了无数的防马栅栏，来阻挡武田军的进攻，才使火枪有从容射击的机会，而现在的商家军根本就没用什么栅栏，就是远远站成三排，轮番开火射击，双方之间的阵地是一马平川，任甴彦根军拚命进攻，但却无法靠近，只能不断的倒下。
井伊直孝也曾派出人马，想从左右迂回到商家军的侧后方，进行前后夹击，但商家军剩于的两个营就是防着日军左右迂回，结果日军连派出两队人马，从左右绕道，但全都遭到了商家军的阻击，无法成功。
战斗进行了大半个时辰，日军的伤亡超过了两千人，井伊直孝见战事实在太不利了，也赶忙下令收兵，退回首里城里，这回再也不呈什么能了，一心一意的在城里驻守。
而就在这时，曰本的大队战舰也终于逼近了琉球岛。成钢也下令，第一旅留在琉球岛上，看住首里城里的曰本，第一、三舰队以及西班牙雇佣军舰队出战，迎击日军的船队。西班牙雇佣军的队长莫伦特和安徳烈也都随舰队一起出战。莫伦特付责指挥西班牙舰队，而安德烈则登上岳飞号，出任自己的新职务，司令官副官。
这支曰本船队来自属于毛利氏长州藩。
长州藩在曰本，是与萨摩藩齐名的大藩，第一任藩主就曰本战国时的名将毛利辉元，也是丰臣秀吉时代的五大老之一，同时还有长府、徳山、岩国三个支藩，也是曰本的强藩之一，在关原合战中，毛利辉元就是出任西军（即丰臣军）的主将。因此在徳川幕府建立之后，长州藩也是徳川幕府重点防范的大藩，仅次于萨摩藩。不过也正因为如此，长州藩也一直视幕府为本藩的大敌，据说每年的新年团拜，长州藩士、支藩藩士都会以“主公，可以（倒幕）了吗？” 为新年贺词。
而在另一时空里，长州藩和萨摩藩都是后来明治维新时期，倒幕的主力，也涌现出一大堆曰本近现在的名臣名将，包括著名的维新三杰中的木户孝允（即桂小五郎），以及伊藤博文、高杉晋作、山县有朋，儿玉源太郎等等。
另外长州藩在曰本素来是以水军而著称，在曰本入侵朝鲜之战中，曰本水军的主力就是毛利家的水军，因此尽管徳川幕府对长州藩十分忌殚，但要想进攻琉球，也不得不借用长州藩的力量，让长州藩出任水军的总指挥。