商毅率领人马刚刚出发，连续收到五份吴甡发给自己的催促檄令，其中在第二天竟连续收到三份，都是叫他尽快赶到南京。
原来吴甡到达南京之后，得到得全是坏消息，浙江叛乱的范围越扩越大，不仅是绍兴府和杭州府、就连嘉兴府、湖州府、严州府、宁波府都以经失守，叛军以经攻占了围绕着杭州湾的所有地区。同时也在分兵两路, 一路进攻广徳州，打通进攻南京的通道，另一路进攻苏州府，想彻底攻占长江以南的地区。
而且这时凤阳总督马士英也向南京告急，说河南永城的守将刘超叛乱，请求吴甡立刻调兵平乱。
永城属在河南省地界，在归徳府东南，与凤阳府的交界处，刘超的叛乱，将直接危胁到凤阳府的安危。凤阳府不仅是南京北面的门户，大明的中都，而且是老朱家的老家，可是明朝的龙兴之地，这里不仅有朱元璋父母的皇陵，还有朱元璋少年出身当和尚时的龙兴寺，对大明朝有十分特殊的意义。
在崇祯八年（1635年），凤阳就被农民军攻破过，当时整个凤阳城都被焚之一炉，农民军还将朱元璋父母的皇陵毀坏。结果不仅是凤阳巡抚杨一鹏、巡按吴振缨、守陵太监杨泽等大小官员共一十七人被杀，还累得崇祯下诏罪己。
这可都是前车之鉴，因此吴甡可不敢怠慢，立刻命黄得功带本部人马，立刻渡江，归马士英统领，平定永城之叛，同时又命刘良佐率军进驻河南真阳，保护黄得功的侧翼。但这一番安排也使吴甡手下的兵马减少大半，只能命马科率一万人马进驻广徳府，抵挡叛军的进攻，其余的人马守卫南京，再也无力去救援苏州了。因此也只能催促商毅快到南京。
虽然史可法建议，是否调先左良玉军来保卫南京，但被吴甡断然拒绝，一来是左良玉靠不住，二来他也清楚商毅和左良玉之间的过节，两人再弄到一块，万一又打起了怎么办呢？同时吴甡也坚信，只要商毅的人马一到，平定叛乱就易如反掌了。那怕暂时丢了苏州也不用怕。
史可法没有督师湖广的战斗，对吴甡这么看重商毅颇有些不以为然，但论公吴甡是督师南直隶，而史可法只是南京兵部尚书，从理论上来说，商毅、左良玉、黄得功、刘良佐、马科都受吴甡的节制，史可法管不着，而论私，吴甡比史可法大，过去还是史可法的上司，因此史可法也只能听之任之。
本来商毅是打算跟着船只缓缓而行，接到吴甡的催檄之后，也只好加快进度，因为想在浙江立足，在一开始还是要得到吴甡的支持，而且在浙江的局面也确实很紧了。于是商毅命令周少桓和罗远斌两人守护着船队，继续慢行，自己带着三团和骑军营放弃辎重，率先赶到南京，去给吴甡壮胆。并且又命段鹏带一个侦察连，立刻改扮为平民样子，潜入浙江內部去打探消息。
分配之后，商毅带着成进、成钢、杨武丞等人出发，一路急赶，于九月十三日到达南京。
南京古称金陵，襟江带河，依山傍水，钟山龙蟠，石头虎踞，山川秀美，古迹众多，素有“六朝古都”之称，是一座历史名城，而且明朝的官话并不是后世的北京普通话，而是南京话。
由于职业习惯，在进城的时候，商毅留意观察一下南京的城防结构，南京城门素有内十三、外十八之说，内十三是指原来在城墙上依次所开的十三座城门，都与市内大街贯连，街道纵横交织，主次分明，井然有条。
但由于南京城墙依地势而建，位于东郊的皇宫紫禁城就离钟山太近，于军事防守十分不利, 因为弥补和加强南京京城防卫，在洪武二十三年(1390年)，朱元璋又下令利用应天府城外围黄土丘陵,建造60多公里长外围土城, 这座外城呈菱形，西边外郭城垣未合围，留下南北两豁口分别延伸至长江边。共计又开出十八个城门，此即为一般所说南京“外城门十八”。 不过在商毅穿越之前的那个时空里，南京的这座外城早已被毁，但人们仍然使用这些城门名称来作为当地的地名。
南京城是依水而建的，只有东南两面为陆地，北有玄武湖，西有秦淮河，都可做南京的屏障，而且在南京的地外，除四周山川的天然屏障外，还修建了六座卫城。又经历数代的修健之后，防御结构设计得很合理。整座城市还分为内城、外城两部分，一但外城失守，守军还可以退入内城，继续抵抗敌人的进攻。
外城有长墙围护，城墙高大，普遍都在四丈以上，十分坚固，外围城墙宽达五丈，可容多骑并排而驰，不仅可以放置床弩、投石器、火炮一类的大型城防武器，而且分为上下两层，守军在下层，弓弩手在上层。既使敌人攻上城墙，也可以由下层的守将迎战，弓箭手可以在上层从容利用城墙上的掩护，与敌军周旋。而城楼更加宏大，高达六丈，可以府视全城，一览无余。用固若金汤来形容，一点也不为过。
不过商毅也知道，无论是在明清，还是近代的历史上，南京依托坚城防守成功的例子并不多，甚致几乎可以说是没有，无论是南明、太平天国，还有国民政府，其实都没有守住南京，因为当敌军攻到南京城下的时候，基本上都以经大势以去了，可见城防的强弱，并不是战争的决定性因素。
商毅的人马是从南京内城南面的通济门进城，吴甡和史可法以经城内的通济门大街和崇楼街的交汇处等候他的到来。