就在商毅抓住机会，在杭州大力宣传清廷恶行的同时，清廷对啇家军的湖北根据地，发动的第三征剿战争，也开始进行了。
这时啇家军的湖北根据地的地区尽管还是只占据着黄安、麻城、罗田这三个县城，但实际的控制面积，己经大大增加了，可以说现在整个黄州府除了几个县城和州城还在淸军的控制之中以外,在县城之外的几乎所有村庄乡镇的地方，几乎全都投靠了商家军。而且还向黄州府以外的地区进一步扩张，向西一直到达徳安府境內的白泉河边，向东到达庐州府的天柱山一带地区，而向北也翻过大别山，到达汝宁府的商城附近。而在黄州府境內清军的官员只敢躲在城里，根本就不敢走出府州县城一步。
尽管洪承畴到达南京之后，派贝子尚善到黄州坐镇，为清军下一步征剿商家军做一些准备工作，但尚善到了黄州以后，也曾两次派兵出击，想控制住黄州城周边的地区，但淸军每一次出击，都找不到商家军的影子，但等他们在城外转了一圈，转回城中的时候，商家军就会不知从什么地方钻出来，追在淸军背后攻击，等清军转过身来还击时，却又都跑掉。而清军再追击时，不是又不见踪影，就是在某个地方伏击淸军。而到了后来，外出巡视的清军也只敢在黄州城十里以內的范围内活动，再远的地方，也都不敢去了。
因此尚善吃了几次亏之后，只好守在黄州城里，也不敢轻易出击，但又派出大量探子，深入商家军的控制区里去打探消息，但也是十有回不来，根据少数侥幸逃回来探子说，在商家军的控制区内，百姓对商家军十分拥立，而且是全民动员，一但发现行迹可疑的人，就会立刻报乡村的民团，然后进行抓捕察问。因此清军的探子很难在商家军的控制区内进行活动，也打探不出太多的消息来。
尚善这才明白，盘据在湖北地区的商家军确实是不好对付，因此只好把这些消息都向南京报，同时也严守黄州城，等待着南京发来大军进剿商家军。
到了六月，南京终于要对湖北用兵了，各路人马也都陆续进入了湖北、安徽等地区，尚善在黄州城里也擦拳磨掌，准备战斗。
这一次淸军的兵力充足，因此对啇家军的湖北根据地进攻才采取三路出兵，由蓝拜和刘良佐为西路，兵力一万八千人，从徳安府出兵，进入黄安；由阿哈尼堪和刘泽清为东路，兵力两万人，从东边的黄梅、广济出击，进攻罗田县，两翼齐飞，以分进合围之势，向麻城县靠陇。
而中路由尚善亲自为主将，率领马光辉、李思忠进逼麻城县，兵力两万，为两翼的进攻牵制商家军的主力。由石廷柱带领七千人马驻守黄州，并为三路人马的总接应。
因为按洪承畴和多铎的想法，麻城县是商家军在湖北的治所之地，因此商家军的主力一定驻守在麻城一带。而以洪承畴对商毅用兵之道的研究，商家军惯用分割包围、逐个击破的战术，在这情况下，商家军一定会集中兵力，只救援其中一路，以救先击破清军的一路，不过一但商家军救援东西两路，清军也就可以立刻找到商家军的主力，然后集中兵力，围歼商家军的主力人马，然后再深入进行清剿。
在三路的兵力都集结完毕之后，也就都各自开始向各自的目标进军，而在沿路所过之处，田园、房屋全都烧毁，所遇百姓一率处死，不留活口，也不给任何给商家军通风报信的机会。同时也是为了震慑黄州府以及周边地区的百姓，投靠啇家军的下场。
与此同时在杭州的商毅也知道了清军对湖北战区的进攻计划，因为这时在浙江地区暂时沒有向清军发动进攻的能力，因此商毅下令驻守扬州的罗远斌，立刻向庐州府发动进攻，以配合湖北战区的作战。如果能够攻下庐州，打通和湖北战区的陆地连通当然是好，就算攻不下庐州，也能吸引一部份淸军的兵力，减轻湖北战区的压力。
这时第二军己有四个师，三个旅，总兵力约为六万三千人左右，在滁州和和州各驻守了一个旅。再接到了商毅的命令之后，罗远斌也从扬州出兵，派出两个师的兵力进攻合肥，派出一个师，加驻守和州的一个旅，进攻无为州，分别从剿湖两岸南北两岸出击，攻入庐州府境內。
驻守合肥的是泰什哈，得知商家军出兵进攻庐州之后，一面聚集人马守城，一面派人向驻守凤阳府的谭泰救朮。谭泰也不敢怠慢，赶忙调动兵力，増援庐州府。但等援军赶到合肥之后，商家军的南路军己经攻下了无为州，因此清军只能退守到庐江驻守。
而现在商家军在湖北的根据內，拥有的人口己经达到十五万人左右，兵力也有了进一步的扩大，又新编制了二个团，使正式兵力达到了一万七千余人。并从九师的二十团，二十二团中，各抽调一个营，补充到二个新团里面，希望靠老兵的传帮带作用，使二个新团尽快形成战斗力，同时还有民兵近四千人。现在商家军在湖北的兵力分布是，在黄安和罗田各驻守一个新团，九师的三个团都驻守在麻城县附近。
李定国、李岩、李牟等人得知这一次淸军出动了六七万大军对自己进行征剿，敌我兵力相差三四倍之多，因此不可正面力敌，仍采取诱敌深入的战略方针，以少部兵力采用偷袭、伏击等战术，迟滞敌人前进，必要的时候，黄安、麻城、罗田三县都可以适当放弃，而主力则集中起来，寻找战机适时转入反攻，逐个歼敌，再次击败淸军对湖北根据地的进围剿。
这时从杭州也发来了清廷颁布剃发令的消息，李岩和李定国等人也抓住这个时机，对全军进行动员工作，大力宣传清军在进攻南方时所犯下的恶行，并且提出了“头可断，发决不可剃也”的口号，同时针对清军的三光政策，将百姓尽量向根据地內部转移，甚致是躲进大别山里去。
经过了一番动员之后，无论是老兵、新兵还是民兵，以及普通百姓，对清军的暴行都是义愤填膺，因此也都决心一定要再次打败清军。