在这危机时刻，郑成功果断下令，不理城外的援军，继续在泉州城内战斗，一定要击败清军，同时派人去请驻守溜石寨的商家军出战，攻击清军的援军。-
但这时城内的清军也得到了援军赶到的消息，也不禁精神大振，渐渐竟有压倒郑军的势头。将郑军杀得节节后退，一直退到了西门边，眼看就要被清军逼得退出泉州城了。
郑成功见状，立刻拔出佩刀，大喝道：“今日不破泉州，誓不出城。”然后身先士卒，亲自挥刀阵，连斩了数名清兵。而部将陈豹、杨期潢、杜辉等人见郑成功亲自出战，也都纷纷挥动武器，跟着他一起阵，个个浴血奋战，在这几员主将的带头之下，郑军也被激起了高昂的斗志，终于站稳了脚跟。
就在这时，沈寿岳率领商家军赶到战场，不仅击败了清军的援军，同时还派出了一个营杀进泉州城，増援郑成功。而经也了一夜的奋战之后，清军这时也是筋疲力尽，而且一眼就看出，原来是商家军参战了，顿时斗志全无，败退了下来。
郑军、商家军乘势追击，终于占领了泉州城。而赵国祈带着百余士兵，杀出了泉州，逃到福州去了。
而在另一边，清军的援军也被商家军击败。实际清军在漳州的守军并不多，而且在短时间内，那凑得出多少人马，因此王进只带来了两千余人，什么三万大军，突袭安平，不过都是王进故意虚张声势而已。只是趁着天黑，打了洪政一个措手不及，结果沈寿岳率军杀到，立刻就被杀得大败，四散奔逃。而王进在混战之中，也被商家军活捉，解入泉州城中关押。
虽然几经波拆，而且在这一战中，郑成功的损失也不小，拆兵达一千二百余人，部将杨期潢也战死在泉州城中。但郑成功到底还是攻下了泉州，取得了起兵以来的首战胜利，同时也为自已夺下了一块立足之地。
泉州城中的乡绅百姓得知郑成功击败了清军，占领了泉州城，也都十分高兴，纷纷街庆祝，还有不少人来见郑成功，求他不要再离开泉州城了。而郑成功也从此声威大振，完全盖过了郑彩和郑鸿逵。
郑成功自然也十分高兴，正打算派人去南澳岛请商毅来到泉州，但这时收到商毅的来信，原来商毅已经趁着漳州空虚，率军攻取了漳州，让郑成功派人去接管漳州。
看完商毅的信之后，郑成功也不禁佩服不己，果然是名将，绝不会错过任何一丝机会。因此立刻命令陈豹去接管漳州。
而这时赵国祈逃入了福州，才向觉罗巴哈纳报告，商家军己经深入福建了。觉罗巴哈纳得知这一消息之后，当时就吓得脸色惨白。因为他己经派出军队，分别去増援建宁府和福宁州，这时福州的守军不足五千，如果商家军来进攻福州，自己根本就守不住。因此觉罗巴哈纳也赶忙下令,把派去増援建宁府和福宁州的人马又都赶紧给撤回到福州来驻守,同时又下令金声桓,赶紧从江西撤军,回来保护福建，然后紧闭城门，再也不敢出去了。
虽然没有按照原计划的那样攻下福州，但一连得到了泉州、漳州两地，也让郑成功觉得十分满意了，
商毅把漳州交给陈豹守卫之后，也来到了泉州，郑成功把他迎进了泉州，商毅笑道：“明俨，这次进攻泉州，伱做的很不错啊。”
郑成功道：“督师太过奖了，其实这次能够攻下泉州，完全是靠有督师的啇家军相助，否则以成功自己的力量，绝无取下泉州之力。商家军英勇善战之名，果然不虚。”
商毅道：“你也不必妄自非薄，其实这一战你制定的计划，还有临阵的指挥做得确实都很不错了。但你的人马战斗力不强，是因为军队刚刚组成起来，缺少训练，而且实战经验不足的缘故，只要曰后是加紧训练，少则半年，多则一年，必可成为一支劲旅，何况你还有海的选势。因此从现在开始，你就应该立足于泉州、漳州两地，招募人材，扩充力量，拓海经商，积攒钱粮，与清军抗衡。伺机收复福建之地。”
顿了一顿，商毅又道：“不过有一点你要切记，凡将成大事者，当以人为本，现在你已有泉州、漳州两地，人口数十万，注意休养生息，减轻税赋，推行仁政，宽厚待民，只有如此，方才能够做到下一心，协力抗清。切不可不体民意，一味强征暴敛，那样的话，与清廷又有什么区别呢？”
郑成功也不禁凛然道：“大人金石之言，成功必当铭记于心。”