小智的枕边宝可梦耳朵微微颤动，它睁开困顿的双眼，就看到了妙蛙种子离开的背影。皮卡丘一惊，连忙跟了出去，想要看看妙蛙种子这么晚了是要做什么。
皮卡丘一路小跑追上了妙蛙种子，对皮卡丘的到来妙蛙种子没有感到意外，这家伙就像队伍中的老大哥，一向很关心照顾它们这些小智的宝可梦。
两小只一边交流一边慢慢走着，皮卡丘通过妙蛙种子的讲述知道了它大半夜出来的原因。妙蛙种子好像受到了什么存在的吸引，想要跟随心底莫名的感受前往来源处，弄清楚是什么在吸引自己。
行至森林深处，皮卡丘虽然站住了，面色严肃耳朵微微颤动着环顾四周。妙蛙种子同样提高了警惕，周围莫名变得静悄悄的，连一丝风声都不存在。
下一刻，周围突然钻出来六只妙蛙种子将皮卡丘和妙蛙种子包围了。这六只野生的妙蛙种子同时伸出藤蔓将小智的妙蛙种子绑了起来，高高的举在半空。
皮卡丘愤怒的大叫几声，电气袋里涌出了汹涌的雷电。
“种子种子！”（不要出手！去喊主人和夜先生他们来！）
皮卡丘一愣，听从妙蛙种子的话语跑回了那座森林中的宝可梦中心。回到小夜少见的和小智小刚一同居住的三人房，皮卡丘对着踢开被子的小智就是一发十万伏特。
“嗷嗷嗷！皮卡丘你在干嘛！”小智吐出一缕黑烟，疑惑的看向大半夜突然电自己的皮卡丘。
“皮卡皮卡皮！”
小夜靠在床头，轻声说道：“快起床吧，皮卡丘说小智你的妙蛙种子被好几只野生的妙蛙种子绑架了。”
小智瞪大了双眼，连忙手忙脚乱的穿着衣服。小智先前的惨叫将隔壁的两个女孩都吵醒了，这会正站在门口。得知了原因，两人也连忙回房间换下睡衣，跟着同伴们一同走出了宝可梦中心，沿着半空中流动的花粉去寻找小智的妙蛙种子。
这种奇妙冒险景观，和乔伊小姐白天时讲述的传说，几人都隐约察觉了这些闪着金光的花粉和妙蛙种子它们一定有着关联。准确的说，是和野生的妙蛙种子们那神秘的进化仪式有关。
有着花粉的照明和指引，很快一行人就赶到了森林深处的某地，眼前已经被干枯藤蔓围成的屏障阻拦了道路。
“这后面，应该就是不可思议花园了，妙蛙种子们举行进化仪式的神秘祭坛。”小夜看着头顶飘进去的花粉，轻声说道。
小智攥紧了拳头，“也就是说，我的妙蛙种子也在里面了？好！那我们快点过去吧！”小智手脚并用想要翻越藤蔓形成的围墙，却被突然冒出来的藤蔓打落在地。
翻身爬起来，丝毫没有受伤的小智大喊着喷火龙，就打算让喷火龙放火烧掉藤蔓之后，再强行闯过去。