千钧在家里陪妹妹晓月在花园散步，晓月的病也刚刚痊愈。晓月听千钧提起服部平次的事情，“那家伙真的跟土著一样吗？”千钧好笑，“没那么夸张了。不过，比文良的色彩浓重一些而已。”晓月沉思，“原来这样，下次我倒要见见这个土著侦探。其实，我听千寻那死丫头提到过这个人。”“千寻真的认识服部吗？”“应该不是吧，千寻说过这个服部平次在关西真的很出名，尤其是在年轻人里面有很多崇拜者。”千钧苦笑，“真是个疯狂的世界，怎么所有人都对推理这么感兴趣啊！”晓月娇小，“笨蛋哥哥，你推理能力这么差，是不是很有挫折感？你的优点只剩下能打这一条了。”千钧佯怒，“有你这么说老哥的吗？你就不能给我留点面子啊，虽然你说的是实话。”
兄妹两个正在笑闹之际，柯南的呼叫到了。千钧只好跟晓月告别，开车赶去步行街，见到了露出不怀好意笑容的侦探团四人组。上车后，千钧恼怒，“喂喂，你们去图书馆乘环形列车或者地铁、公交都可以啊，真是的，还特意把我叫来。”元太大喝，“千钧哥哥，你身为侦探团的监护人，是不是应该尽点义务呢？好像好久没请我们吃饭了，我要吃……”光彦急忙打断，“这次不能再去吃鳗鱼饭和中国餐，去吃法国大餐吧！”步美也说好，柯南还在发呆。千钧无语了，原来自己这个监护人的作用就是请他们吃饭啊。
几个孩子聊起最近的动漫，提到冷月动漫社的圣闘士，已经播出到暗黑卷结束了，白鸟战士与凤凰战士在熔岩地狱的最后一战竟然是两败俱伤的结果，另外的神秘战士出现，凤凰战士幡然悔悟，战死在死亡岛。谈起里面经典的战术和弥漫的情感，大家都不胜唏嘘。千钧苦笑，自己提供的原始版本的剧情好像不是这样的，肯定被晓月全部修改掉了。
到了米花图书馆时，千钧才想起来，“文乃怎么没来？”光彦解释，文乃是a班的，留的作业跟他们b班的不一样。其实，本来她也打算过来的，可是家里有些事情，就没有成行。千钧跟侦探团告别，答应晚上过来接大家去旗本祥二的法国餐厅吃顿大餐，就开车离开赶往藤笠公司。藤野先生告诉千钧，公司最近有部分人员离职，又来了些新人，作为社长应该跟大家见见面。
米花图书馆，侦探团4人来到三楼的儿童书区，柯南牢骚满腹，“真是的，没一本能看的书，怎么都是儿童读物啊？这种书能写出什么心得！而且还放得乱七八糟，真是受不了！唉，没办法，这里毕竟是儿童书区！”柯南在儿童书架里面发现一些英文书，背面朝外，都包着塑料袋。馆长津川秀治走过来，“小朋友，这可不是你该看的书啊！”柯南急忙说对不起，将书放了回去。这位津川秀治馆长，是个中老年男子，看上去像个黑猩猩，再有几年就该退休了。
元太发现图书馆外有警车开过来，好像发生什么事情了。侦探团兴奋起来，警察已经进入了图书馆，不知道是什么事件。图书馆的女事务员也向津川馆长报告，警方已经把米花图书馆封锁了。柯南急忙跑出去，想去看看到底什么事情，其他3人立即追上来。津川馆长抱着一箱东西进入电梯，柯南急忙让等一下，也冲了进去。元太、步美、光彦也随后挤进来。
大家发现电梯超载了，元太看到电梯标明载客量是7人。元太疑惑数了一下，“奇怪了，不是刚好7个人吗？”步美好笑，“笨蛋元太，你忘了数自己了！”光彦嘲笑，“我早就说过让元太减肥的。这么笨，肯定不会生病的……”元太大怒，再次扁了光彦，光彦捂着头大呼好痛。没办法的情况下，4个孩子出了电梯，顺着楼梯下去。
一楼，目暮警官、高木警官带着一堆警察封锁了所有出入口。津川馆长上前询问，目暮警官问明白津川的身份后，说明了来意。警察今天来这里，是想查问图书馆的馆员玉田和男的事情。津川馆长说玉田从昨天开始就没有上班，也没有请假，一点也不像他平时的作风。柯南也上前询问，“目暮警官，出什么事情了？”津川馆长也焦急询问，目暮警官将事情娓娓道来。
玉田和男失踪了，他的太太到警局报案，玉田从前天晚上就没有回到家，而前天晚上玉田跟津川馆长一起留下来加班。津川馆长见目暮警官怀疑自己，急忙辩解那天自己先回去了，后来的事情就不知道了。柯南觉得奇怪，“目暮警官，你们为什么跑来搜查图书馆，说不定他是在晚上回家路上被人掳走的。”目暮警官说是主要是为了慎重起见，玉田和男是个循规蹈矩的妻管严，在每天晚上回家的时候都会先给老婆打个电话再回去，但是前天晚上，玉田太太没有接到丈夫的电话。
目暮警官因此判断，玉田和男可能在加班时被人带走，或者根本就留在馆内，有八成的可能已经遇害。高木警官过来报告，所有地方都详细查过了，没有找到玉田。由于玉田个子高大非常醒目，目暮警官判断既然到处都找不到的话，应该是被人掳走了，就收队回去了。侦探团打算晚上进行一次冒险行动，柯南就通知千钧在外面接应就行，晚餐聚会推后进行。
侦探团躲在隐蔽的厕所里，等夜深人静图书馆关门的时候才出来。柯南抱怨，“真是的，叫你们回去都不肯走。”步美询问柯南现在怎么办，柯南说找尸体啊，暗道你们要走了，我就可以和千钧彻底把图书馆翻一遍了。光彦疑惑高木警官都说什么也没发现了。柯南摇头，他总觉得图书馆有古怪味。元太发现有人搭乘电梯上来了，大家急忙躲起来。
乘电梯上来的是津川馆长，柯南奇怪这么晚他黑灯瞎火的上来干什么。津川馆长打开进口书的柜子，从里面将塑料袋包好的书取出来，发出桀桀的恐怖笑声。津川忍不住得意地自言自语，“玉田那个大傻瓜，要是他没发现这里面的东西，就不会死了。那些警察也不过如此，随便找找就回去了。谁也想不到，玉田就长眠在图书馆里，嘿嘿……”柯南看着津川对月长啸，十分气恼，几个孩子也都吓得够呛，现在可以肯定尸体就在图书馆中，可是到底藏在哪里才能瞒过警方呢？
柯南可以肯定，杀害玉田和男的凶手就是津川秀治。这时，津川从一个纸箱里面取出书来，拿掉外壳，然后放进公事包，而那些书正式柯南白天见到那些包着塑料袋的英文书。柯南疑惑到底是什么书呢，元太因为看不清使劲推了一下，步美恼怒让他别乱推。结果被津川馆长发现了声音，大声喝问谁在哪里？侦探团暗暗叫苦，柯南带着大家趁着黑暗迅速换了个地方。
津川开始四处寻找起来，柯南只好带着大家跟津川捉迷藏。大家换了厕所隔间，让听到步美声音的津川馆长扑了空。可是津川随后也来到这个隔间查看，四人只好躲在门后，津川见里面没人，以为自己多心了，就离开了。柯南觉得为了安全，先在这里躲避一下好了。元太抱怨，还要躲多久啊，自己的肚子都要饿扁了。
等了老半天，津川馆长终于离开走了。柯南带着大家出来，马上翻查了装有外国书的箱子。柯南发现那些书都只剩下外壳了，里面的书应该被津川放到公事包带走了。但是，那么多书，他不可能一次性全部带走，其他的书一定就藏在图书馆内。柯南觉得找到尸体前要先把那些书找到。柯南想把千钧叫上来帮忙寻找，步美急忙阻止了，元太露出笑容，“接下来还是让我们少年侦探团大显身手吧！”柯南一脸黑线，只好让大家分成2组沿着书架找寻那些进口书。
元太与步美在探险时觉得光线太暗了，就打开了灯，这是迄今为止最糟糕的一次失误。柯南大惊失色，急忙将灯关闭，“万一被馆长发现怎么办？”元太认为馆长一定回家睡觉去了。柯南爬在窗户上看见馆长真的离开了，松了口气。柯南叮嘱大家千万别开灯，被人发现进来调查就麻烦了。而发现异常的馆长却去而复返。
柯南和光彦一组，将这一面的书都搬下来寻找，可是结果让人非常失望。两个人都很累了，光彦发现对面的书一本也没动，柯南恼怒，“一定是元太和步美在偷懒！”柯南过去责问，元太和步美也累得坐在地上，“柯南，我们没有摸鱼啊，我们这边也都搬出来了！”柯南疑惑，两边的书都搬掉了，中间怎么还有一层书呢？