但是，这样的大好形势没能维持多久。
1927年3月21日，张静江自江西蒋介石行营抵达杭州，住进新新旅馆。当晚，蔡元培与邵元冲即往拜访，听取有关蒋介石的反.共清党计划。张静江向他们传达说：“介石对于与共产党分离事已具决心，南京🐑⚱🕋定🈙⚗👡后，即当来宁共商应付。”
24日，蔡元培跟随张静江由杭州抵达上海，与先期抵达那里的吴稚晖、李石曾、黄郛等一起筹划反.共清党事宜。3月27日🞤🖅，蔡元培、吴稚晖等迁入丰林桥蒋介石总部行营，召开国民党中央监察委员会常务会议。🈙⚗👡这次会议亦被称作“预备会”。
28日，蔡元培与吴稚晖、李石曾、张静江、古应芬等召开第三次会议。蔡元培被推为会议主席。五名到会的🗓🛐🛤监🇾🞈💊察委⛤员中，除古应芬资历稍浅以外，其余四人都是民国元老。
这次会议可以说是清党的发难会议，发🝖难人为吴稚晖。根据会议的原始记录，吴稚晖首先发言，报告👍“共.党谋叛情形”。
他说：“共.💰🕣产党陈独秀明言二十年内实行共.产，🗁😩及已入国民党之共.产党员谋叛国民党，及不利于中华民国之种种行为。”
会议付诸讨论，💙吴稚晖提议“纠察共.产.党人”。蔡元培表示附议，主张“取消共.产.党人在国民党之党籍”。
吴稚晖的反.共提案获得通过，决议如下：“由原提议人拟具草案，交监察委员👦会全体会议公决。至除名部分，俟另案办理。”
这次会议还通过了吴稚晖提议的“🙑现在共.🔝🁤🇳产.党种种行为，实危害本党及中国，此次运🛬动应名为护党救国运动”。
4月2☃☒⚝日，国民党中央监察委员会全体会议召开。除了蔡元培与吴稚🁦🟗晖、李石曾、张静江、古应芬五人之外，监察委员增加了陈果夫、李宗仁、黄绍竑三人，而实际上国民党中央监察委员共有20人，与会人员根本不过半数。蔡元培担任会议主席。
吴稚晖正式向会议提出弹劾共.💌🐙产.党文告，作为蒋介石集团发动政变的法律依据和舆论准备。吴把共.产.党反对新军阀、批评辛亥革命的不彻底性、提倡向俄国革命学习等，都说成是为了实行共.产.主.义而“决定铲除国民党之步骤”，是共.产党的“逆谋”。
就是这次仅🁖八人到会的所谓中央监察委员会全体会议，通过了吴稚晖拟具的草案，即1927年🗠5月被列入第一号《国民政府公报》的🂅🌝《请查办共产党呈文》。
吴🕖🉤稚晖说：“今者共产党有谋逆之整备，遂喧腾其联共之口号，诬罔总理孙.中山，挟制舆论，以图大逞。”他还说，在3月6日晚和陈独秀谈话时，他问陈，中国实行共产主义须若干年？陈独秀回答“二十年”。吴稚晖还声称，去年双十节湖北共.产.党敬告同志🍼🍜宣言，认为“二十年内中国国民党灭亡，中国实行列宁式共.产.主义，似已为难逃之巨🄣⛄祸”。
吴稚🗬晖由此指出，国民党如果不愿亡党，“内部即应当制止”，“是以本委员会特将亡党卖国之逆谋，十万急迫🇾🞈💊提呈本会，伏祈予公决，得咨交中央委员会非共产党委员及未附逆员临时讨论，可否出以非常之处置，护救非常之巨祸”，即实行清党。
蔡元培的学生柳亚子1887—1958曾这样回忆“清党”运动🍖🟅中的蔡元培：“先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风，但在民国十六年上半年，却动了些火气，参加‘清党🛷♚运动’。一纸用中央监察委员会名义发表的通缉名单，真是洋洋大观，连我也受到影响。”
柳亚子说自己也受到“影响”，说得非常委婉。如果说直白一🔠🂂🌀点，那就是蔡元培当年参与策划国民党内的密谋，🇾🞈💊清除共产党人士之时，柳亚子也赫然名🝜🌀列“清党”的黑名单。
中国近代史上著名的“四?一二”政变成为后来人所熟知的一个大事件。在1927发生的这次政变中，以蒋介石👒☷为首的国民党人对党内的共.产.党展开了一次极为血腥的大“清洗”，大批共产党人及“左倾”人士被捕杀，中共的组织活动顿时受到极大摧残，从此在中国的广大地区不得不转入长达十年的“地下”活动，直至抗战全🗞面爆发。